半年前的一连串遭遇，彻底改变了三年级小学生高町奈叶（田村由香里 配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可嗳的小伙伴尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰），并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）成为莫逆好友。新学期开始，菲特以小学生的身份转入奈叶的班级，一切看似进入了平稳期。克就在某个毫无征兆的夜晚，奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔（真田麻美 配音）等三名违法渡行者的袭击，她们的魔导器也被破坏。 新的危机，新的对手，一切朝着不可预知的方向发展……那么除了西区、东区和中Y区，偌大一个伽蓝星，我们除了去大海之上漫无目的地乱飞，就只有选择去北区或者南区了。至于我为什么没有选择北区,而是南区，那就是因为我对北区完全陌生，而对南区的火种窟颇为熟悉的缘故了。
